El CNR tiene entre sus funciones principales la formulación de lineamientos, planes y programas para el desarrollo integral de la reincorporación, así como el seguimiento a su implementación en los territorios. Además, actúa como interlocutor clave entre las instituciones del Estado, los excombatientes y las organizaciones sociales, facilitando la articulación de esfuerzos y la resolución de dificultades que puedan surgir durante el proceso. Su trabajo ha sido fundamental para el diseño y acompañamiento de proyectos productivos, acceso a educación, salud y vivienda, entre otros derechos.